只做piRNA测序！轻松搞定5分文章
目的：利用piRNA测序筛选新型乳腺癌预后生物标记物
Piwi-interacting RNAs (piRNAs)是一类 26 到 32 nt 的非编码小RNA，在维持生殖细胞系上发挥重要作用，目前还认为其在体细胞中对基因表达起到转录后调控的作用。Piwi蛋白是piRNA生物合成和作用途径的中心，对基因的表达起表观调控作用。piRNAs/PIWIs已被报道可作为多种癌症的潜在生物标记物，但其在乳腺癌中的作用尚未得到全面的研究。
研究者分别对来自104个病人的石蜡包埋乳腺肿瘤组织和11个冻存正常乳腺组织进行小RNA测序。结果正常组织获得10M reads数，肿瘤组织获得165M reads数，piRNA序列总数4,207,022条，被注释到676个piRNA上。发现25个差异表达的piRNA，包括17个上调和8个下调piNRA。
图1. 差异表达piRNAs的聚类热图
接下来进行病例对照(Case–control)和纯病例(Case–only)统计分析，鉴定出8个piRNA可作为新的预后标记。同时利用基因表达综合数据库GEO对PIWI基因进行预后标记评价，发现PIWIL3 和PIWIL4也跟预后相关。
图2. 利用差异piNRA构建的危险评分与生存的关系
图3. 利用PIWI基因构建的危险评分与生存的相关性
最后，利用mRNA表达数据库对这些预后差异显著的piRNA进行靶标分析，发现306个靶标基因与piRNA的表达呈现负相关。对鉴定的这些靶标基因富集分析发现主要富集到血管生成、转录、细胞信号传导等功能上。
总的来说，该研究捕获了piRNA异常表达途径的整个级联事件,并发现了乳腺癌预后的新型生物标记物。
参考文献
Piwi-interacting RNAs and PIWI genes as novel prognostic markers for breast cancer. Oncotarget. 2016. IF= 5.008